危害辣椒的病害主要有病毒病、疫病、细菌性斑点病、白粉病、炭疽病等。以上病害发生严重时，会导致绝收。过去辣椒病害的防治多是见病治病、药剂单一．加之用药混乱，不但增力。了防治成本，而且错过了防治的关键时期，防治效果较差。近年来的研究证明，在做好各项栽培技术措施的基础上，根据发病情况，配合药剂进行防治，效果较好。一是用46%病毒清可溶性粉剂等抗病毒药剂防治病毒病；二是用70%黑胫清可湿性粉剂防治疫病和土传病害：三是用55%锦田可湿性粉剂防治细菌性斑点病．并兼治白粉病、炭疽病。应用“三药”配套，根据主要病害的田间发病规律，抓住关键防治时期，合理用药，进行系统防治才能达到较好的防治效果。 
    1、主要病害的发生特点 
    (1)辣椒病毒病是由黄瓜花叶病毒 (C MV)和烟草花叶病毒(T MV)感染致病的。C MV主要由蚜虫等传播，最终出，现畸形；T MV主要是由汁液接触传染造成花叶、坏死、落叶、落花、落果，一旦被感染，发病率极高，传播迅速，一般会造成3—6成的减产。甜椒品种极易感病，苗期感病造成的损失最重。 
    (2)辣椒疫病是由疫霉感染引起的真菌性病害。苗期、成株期均可受害，根、茎、叶、果实都可发病，前期根、茎染病造成死苗，中后期染病常造成整株死亡。移栽期该病传播快、易感染，会造成大片死苗，连作田较重，病菌孢子借风雨传播，迅速蔓延成灾，损失较量。 
    (3)辣椒细菌性斑点病，俗称“落叶瘟”，是辣椒上普遍发生的一种细菌性病害，常引起早期大量落叶、落花、落果，影响产量。如果在长期的高温高湿条件下，叶片上的病斑不形成疮痂，而是迅速扩展为叶缘焦枯或在叶片上形成许多小斑点，之后引起叶片大量脱落。此外，重茬地、湿地、生长差的甲块发病重。 
    (4)辣椒白粉病是大棚内一种重要的病害，舍引起辣椒叶片干枯早落，严重的全株落尽。此病一般在叶背面形成白粉状霉层，正面出现浅黄色斑。在气温适宜，相对湿度低的情况下发病重，且发病率高，对产量影响较大。 
    (5)辣椒炭疽病是辣椒挂果期的重要病害之一。此病主要危害果实，特别是成熟果实。严重时，会造成果实大量腐烂，对产量影响极大。分生孢子主要通过风雨和昆虫传播。分生孢子发芽后，从伤口侵入，有多次再侵染。高温多雨，田间湿度大，氮肥过多，均会加重此病发生。 
    2、搏椒主要肩害的发生时期 
    辣椒病毒病在苗期侵染辣椒，造成的损失最重；疫病的侵染时间较长，辣椒苗期、成株期都易侵染该病造成整株死亡，损失较大：旺长期易发生细菌性斑点病；盛果期易受白粉病侵染危害，造成中后期大量的落叶、落花、落果；挂果成熟期易发生炭疽病，造成大量烂果。辣椒5种主要病害只可防，不可治，应从预防入手，进行系统防治，有针对性的采用“三药防五病”并兼治其它病害，才能取得较高的防效。 
    3、防治技术 
    (1)苗期预防辣椒病毒病、疫病。苗期由于苗床较集中，好管理，预防较省工、省力、省药，且防效好。黄瓜花叶病毒病 (C MV)由蚜虫传播，因此苗期要重视蚜虫的防治。在防治好传毒昆虫的基础上，从5叶期开始用46%病毒清可溶性粉剂800倍液泼浇椒苗，间隔10—15天再泼浇1次，能有效地预防病毒病。在移栽前2—5天喷淋1次70%黑胫清500倍液，然后带药移栽，能很好的预防疫病、立枯病等，并能保证健苗移栽，减少该病传入大田造成大面积危害。 
    (2)大田病害预防。根据大田期辣椒死苗的发生特点，应在移栽后3—5天泼浇1次70%黑胫清可湿性粉剂500倍液，每株50毫升，能有效预防死苗，历年重病连作田，间隔10—15天要再施用1次。旺长期叶面喷雾1次46%病毒清800倍液，可有效预防病毒病芹。缺素症：初果期初见细菌性斑点病或白粉病斑时．应及时用55%锦田可湿性粉剂500液进行叶面、叶背(白粉病着重喷叶背)喷雾，能有效地防治细菌性斑点病、白粉病和炭疽病。重病田或大棚，间隔1 0天喷1次，连续应用2—3次。能有效地减少辣椒病害造成的损失。 
    以上3种药剂不能混用，与其它药剂及叶面肥也不能混用，每种药剂的施用间隔期为5—7天。